Насколько мне известно, стигматы - это католические заморочки, связанные с их учением о подражании Христу, понятым слишком буквально и чувственно.
интересный текст по этому поводу:
"Не будучи знаком ни с какими заветами и наставлениями святых отцов древности, Франциск самовольно взял на себя подвиг юродства, намеренно облачаясь в лохмотья, выпрашивая объедки на пропитание себе, бродя по улицам в поисках камней для постройки церкви и провоцируя людей на унижение себя. ...
Как было замечено выше, в эту эпоху в западном мире наступило ощущение полной утраты Господа. И именно на этом фоне ассизцем овладела идея подражания Христу, но
подражания, как мы увидим, чисто внешнего. Именно здесь зародилось то, что впоследствии было названо "добродетелью святейшей бедности", то есть подражание Христу в нищете, подражание жизни и бедности Христа, в котором Франциск, по его словам, укрепился до самого конца. Подражание Иисусу Христу стало сущностью жизни Франциска, основой его монашеского призвания. В чем же заключалось, какой характер имело подражание Христу у Франциска?
Подражание это выражалось в чисто внешних проявлениях - ассизский подвижник стремился уподобиться Иисусу Христу по наружности, совершая поступки, подобные тем, что творил во время Своей земной жизни Господь. Так, Франциск, так же, как и Христос, избрал себе двенадцать учеников и посылал их по двое для проповеди в мир - ср. Мк. 6, 7, "превращал" воду в вино, устроил последнюю вечерю, сделав ее во всем похожей на Тайную Вечерю, совершенную Господом.
Немаловажным является и факт возникновения на теле Франциска так называемых стигматов - кровоточащих ран - на руках, ногах и в боку (как у Христа), свидетельствовавших о якобы "сомучении" Христу. Благодаря этим стигматам, находясь уже на смертном одре, Франциск "казался Христом, вновь снятым с креста".
http://www.pravoslavie.ru/put/apologetika/francis.htm